東電が直接社債発行するならその資金用途を投資家に説明する必要がありますが、新機構が機構名義で発行する場合その資金が東電の既発債返済資金に使うのか、あるいは東電の通常の運転資金用か・新たに必要となった賠償資金用に貸し出すのかを説明する必要がないことになるのでしょう。
言わば銀行がどこに貸すかを言わないで社債を発行するのと似たような役割になっていると思われます。
銀行のように預金を庶民から集めないし決済機能を有しないものの一種の金融業になります。
（条文自体を見ないと正確には分らないのですが、会員企業にだけ提供するので・互助会的扱いも可能でしょう）
当然のことながら新機構は構成員企業が一定額を出資して設立されるのでしょうが、それでは大した金額にならないので当初発行社債で入手する資金は先ずは新機構の基金積み増し（準備金）用になってしまい、その後蓄積した基金を何の用途に貸し出すかは機構の内部処理・・密室作業になります。
銀行が返済能力の見込めないことが分っている賠償資金に貸出すのは故意の不良貸し付けとして背任行為になるのでしょうが、新機構は赤字で返済能力のなさそうな（市場判定を受けている）東電に貸す目的で設立されたのならば、貸付先である東電や原子力事業者の返済能力を気にせずに貸し出せる点が違います。
事故賠償金向けにだけ限定ならば分り良いのですが、今回の原発事故による信用不安で社債借り換え不能になっている東電の資金ショート阻止が当面の課題で出来たスキームですから、賠償資金向けに限定することは法的に不可能です。
事実上は緊急の借換債代替機能が終わり、危機を凌いだ以降は一般債務借り換え・・普通の運転資金向けの貸し付けをしない暗黙の了解があるのでしょうが、法的にはこれの区別は難しいと思います。
数日前に書いたように、条文自体がまだ入手出来ていないのではっきりしませんが、条文上の区別は難しいので、もしかしたら既発行社債・一般債権弁済向けには期間制限・・たとえば１〜２年間に到来する債権の返済目的に制限していて、市場が落ち着いたら・・その後既存債務返済用に機構が東電に貸し出すのには主務大臣の認可がいるなどとしているかも知れません。
そうしないと電力業界は、極端なことを言えば自前で社債発行しないでこの機構を利用して次々と資金導入すれば全部政府保証になってしまい、モラルハザードが起きてしまいます。（まさに焼け太りです）
８月２１〜２２日に掛けて紹介しているように社債は元々満期までに元利金を用意していて返済する仕組みではなく、借り換えを前提にしているのですから、借換債の発行不能な信用状態にならない限り返済不能にはなり得ない仕組みです。
政府保証債ですから政府信用がぐらついて新規発行不能にならない限り無限に借換債の再発行が続くのですから、賠償資金用に限定したとしても自前資金では返済能力が全くないのを分っていて貸しても不良貸し付けとは言わないのでしょう。
ところで、今回の事故による東電の責任を限定せずに全額賠償義務を負わせる・・無限責任とは言うものの、社債による資金調達システムでは東電は自己資金を１銭も使わないで（この世の？）終わりまで行きそうです。
機構が発行した政府保証社債を使って集めた資金を丸ごと東電が借りて原発賠償金を弁償し、その後は借換債で繰り返して行けば半永久的に借金の元本を返済する必要がありません。