感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（感染症法と略称します。）１９条は指定医療機関等に知事が「入院を勧告することができる」とあって、都知事には同法による勧告をしないで都独自施設に入れる自由がある代わり、その費用負担をどうするかの問題が生じます。
公立小中学校に行かず私立に進学するのは自由ですがその代わり入学金授業料等が自己負担になるのと同じです。
保険外治療を求めれば、１００％自費負担になるのと似ています。
指定医療機関へ勧告に従って入院すれば、同法３９条以下によって患者の自己負担ゼロですが、同法を利用しないホテル等の借上げの費用やその間の医療費負担がどうなるか見えません。
感染症法適用しても勧告でしかなく強制力がないので、患者の自己負担のままだと勧告に従う人が減るので、（勧告に従わず近所の医師にかかる場合、保険・自己負担３割です）感染症法では自己負担ゼロスキームが整備されているのです。
感染症法の勧告をしないで、都道府県独自施設へ入院？勧告した場合に、これに応じた人の負担がどうなるかの制度設計とセットでないと実効性がないでしょう。
帰国者の２週間公共交通機関利用自粛や外出自粛要請が、その間の空港周辺ホテル等の費用負担とセットでなかったので民族愛だけではどうにもならない例がありました。
家族のマイカー送迎期待できない沖縄の人が、成田から（公共交通自粛と言われても沖縄までタクシーで帰れというのか？）の乗り継ぎ便で沖縄に帰ってしまった報道がありましたが、よほど資金力のある人以外帰国してすぐ成田で２週間宿泊して下さいと言われても資金が続かないでしょう。
本題に戻りますと、観光客の途絶えたホテルや空き宿舎等の有効利用が合理的なのはわかりますが、そこへ誘導するとホテル等の借り上げ費用（予算根拠）をどうするか、患者（ホテルの客）に費用負担をさせない法的根拠をどうするかにすぐ行き着きます。
この費用負担の合法化に悩み感染症法の入院勧告したことに？ならないかの相談？が今回の厚労省の態度批判の背景ではないでしょうか？
この場合の対処方法としては以下の二種類が考えられます。

①　　軽症者用特化施設を新増設し指定医療機関指定を受ける
②　　ホテル等の新施設は指定医療機関の指定を受けずに、指定医療機関に入院したのと同じ費用負担スキームを利用できるように厚労省にお願い

上記②は医療法無視で無理があるので、①の要望だったのでしょうか？
ニュースで出ている日本財団や愛知県等の病床新増設は①のパターンにぴったりですから、重症者向けの施設を含む病院の重装備が無駄なので、特定治療らしい医療もなしに一定期間の健康管理・外部出歩き自粛を求める職務特化した簡易病床向けの医療機関の設置基準変更（緩和）が必要なことは理解可能です。
https://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000180940.html
ベッド不足解消へ大型テント1万床を整備　日本財団[2020/04/03 22:19]
アパホテルや５輪選手用宿舎の転用はどうでしょうか？
もともと職種が違うので、ちょっとした設置基準手直しで済むのか？の疑問です。
もともとホテル業の本質は商法の場屋提供業・業法的には旅館業法ですので、サービスを主体にした料金体系ではありません。

商法（明治三十二年法律第四十八号）
第五百二条　次に掲げる行為は、営業としてするときは、商行為とする。ただし、専ら賃金を得る目的で物を製造し、又は労務に従事する者の行為は、この限りでない
１〜６略
七　客の来集を目的とする場屋における取引

医療は外来を見れば分かるように場所貸しに基本がなく、医療行為のためにその場所（入院設備）を使うだけですので、料金は診療報酬です。
結局はアパホテルが医療法人新設してその法人がホテルを賃借する方式になるのでしょうか？
医療法人は出資金の配当ができないので株式会社の子会社では無理があるので、都の借り上げとの報道があったりするので、都がアパホテルなどから一定期間借り上げて都の公営医療機関とし、その医療機関を厚労省が感染症対応指定医療機関とするのでしょうか？