「日本人は要請に応じる率が高いが外国人は応じない率が高いから」という理由で外国人だけ特別不利な法律を作って強制するようなことは許されません。
公式意見として外国人の協力度が低いからとは言えないのでこの種の合意は暗黙の了解・前提ということだったでしょう。
日本はもともと納得さえすれば協力する社会なので、欧米のような戒厳令その他の強制装置を必要とせず、緊急事態を理由にする強制装置をあらかじめ用意すること自体に国民が簡単に応じない社会です。
これに対して入国前の防疫上の検疫は国際法上の権利ですので、入国前に検査すること自体どこの國も文句言えません。
入国検査の結果法定の指定伝染病であれば国内法に従って隔離、治療強制できます。
以上を比較すれば、船内での検査ならば隔離が難しい上に検査前の隔離期間中は感染者と未感染者の隔離は（検査前なので）論理的に不可能な上に、設備の整った病院とも違う問題があり検査完了までに感染が一定数広がる可能性がある点はほぼ同じです。
日本が潜伏期間の２週間観察するために同一船内に留置したことが感染拡大したと批判されていましたが、どこかホテルを借り切った場合でも、検査完了プラス２週間の待機期間中は誰が感染者か不明のまま同じホテルに同宿（夫婦の場合同室が原則・・しかも豪華客船の客の場合高齢夫婦が主流です）しているリスクは５０歩１００歩です。
クルーズ船の部屋別隔離ではホテルより隔離成功率が低いという批判でしょうが、こういう批判に対して、米国派遣チャーター機での帰国便利用者は豪華客に比べて何十分の１もないほどの狭い空間で座席一つ間隔くらいでどうやって隔離していたんだ？という批判が日本のネットに出ていました。
仮に陰性になっても（検査の正確性が低いこともあって、２週間経過しないと潜伏期間中か検査の正確性が低い結果か？不明というのが当時（今も）の常識で、日本でのクルーズ船下船許可後米国帰還者は帰国後そのまま２週間隔離されたということでした。
米国その他どこの国だって、検査前に発症者か否かの区分けしかできない点は同じで未発症者同士を隔離する基準がないので、日本社会での外出自粛要請程度・船内パーテイをやめてもらいできるだけ室内にいてもらう程度しかないのは同じです。
船内隔離不合理を指摘し非難していた米国が自国民を帰国させるのに、個室のない狭いチャーター機で１０数時間も大勢同じ空気を吸わせたのか？というツッコミです。
米国で一ヶ月後に発生したグランドプリンセス号事件でも、バスに詰め込んで軍事基地、ホテルへの移送をしていましたが、狭いバスにどんどん乗せて行くなどその間の隔離など問題にしない姿勢でした。
パーテイといえば、今回船内感染が拡大したのは、何日もかけて船内検査していたことよるというより、横浜入港前夜船会社主催のサヨナラパーテイみたいなものが、催されていたことが大規模クラスター発生につながった・・検査初日分は１０名前後しか陽性がなかったのに１週間ほどで尻上がりに増えたのはその可能性が指摘されています。
緊急事態になっているにも関わらず船会社側の危機意識が低かった・自粛要請では効果のない（英国主権下にある船なので日本政府の要請に応じる必要がないという法律論でしょう）気質がここにも現れています。
政府間交渉で入港を認める代わりに入港後は日本政府の船内管理を認める合意ができたのでしょうか？
明日から日本政府管理になるので、最後の息抜きパーテイを盛大にしましょうということだったのかな？
日本場合、船内検査する代わりに全員検査できる→検査結果陽性反応がでればすぐ入国を認めて指定病院へ直送することが法律上可能です。
横浜市内指定病院への直送用バスをクルーズ船に横付けしていて、そういう運用を実際にしていました。
船内検査の場合、陽性反応の人に対してすぐ入国を認めても即強制隔離が法律上可能で陽性反応者が一人も国内で野放しにならない（拡散防止可能）のに対し、無検査下船＝入国後検査を求める方式では外国人から承諾書を得ていてもそれを守ってくれるか・結果は外国人の気持ち次第になるリスクがありました。
外国人観光客がそもそもせっかく観光地に上陸してどこも行かずに観光地の安ホテルで２週間も時間を潰すのに協力するのでは何のために日本にきたのか不明ですし、武漢から帰国者以上の拒否者が出るリスクがあると想定するのが合理的判断でしょう。
国費で救出された人たちでさえ検査拒否者が出たのですから、外国人主体の外航船の場合、一旦入国を認めてしまえば、任意協力する比率が大幅低下することは容易に想像できます。
入港を認めるにあたっての事前交渉で英国政府が非協力で困ったという噂が流れていますが、入国後の任意協力に対する英国政府の協力を求めても相手にされなかったということかもしれません。
３０００人を超える人員収容可能なホテルを数日間で手当てするのは物理的に不可能な時間ですので、これも船内検査に決定した大きな理由でしょう。
豪華客船の贅沢な客をビジネスホテルに長期間閉じ込められるか、食事レベル言語その他大きな問題ですが、同じ船内場合、相応の厨房その他外人対応人員も揃っているので過ごしやすいことは確かです・・・。
やはりここは入国前の検疫検査権に頼るしかなかったと見るのが常識的です。
入国前であれば、入国手続きのために２列に並ばせようと３列に並ばせようと１時間かかろうとその国の裁量権の範囲内（英国の出方が国際法を縦に協力しない・・横柄だったのでこういう方向に進むエネルギーになったかな？）です。
検疫検査拒否者（物品輸入を含め）には入国（輸入手続き）拒否する権利があるのも国際公法上の常識です。
日本人として考えれば、船内検査＝環境劣悪→検査中の同室者感染が仮に５〜１０〜５０人増えても陽性と決まれば全員入院させることの可能な仕組みの方が良いと考えるべきか、（５〜１０人が検査や自粛に応じないリスク）どうかや英国の出方に業を煮やして入港拒否するかの判断は感染症専門家の専門外の分野です。
感染症専門家・どういう場所ごとに手洗い設備がいるか、防護服体制の準備・一般病棟との出入りの基準、防護製品供給体制を含め・防護品着脱ルールなど手順に詳しい人が、国際法の判断や一定数国内野放しにしても良いか、入国前の検疫をした方が良いかを判断する専門家ではなくこれは高度な政治判断の分野です。