足利幕府はとりなし的利害調整ばかりしているうちに、応仁の乱〜戦国時代に拡大していくのですが、応仁の乱以降・細川や山名氏のように何カ国もの守護を兼ねる時代が終わります。
各地に土着した守護大名が地元武士団との結合を強め、細川や山名のような大規模領主から独立し守護大名となってきたからです。
ところが、その守護大名家ももっと地元密着の守護代（そのまた家老）等にその地位を奪われる下克上が進んできたのがいわゆる戦国時代です。
下克上の代表的人物・長尾為景（上杉謙信の実父）については、ウイキペデイアの一部引用します。

越後守護代であった長尾能景の子として生まれる。
・・・永正4年（1507年）春頃「為景謀反の気あり」と守護・上杉房能が為景討伐の準備をしていたため、8月にその機先を制して房能の居館を襲撃する[8]。逃亡中に房能が自刃すると、その養子・上杉定実を傀儡として守護に擁立した。この新守護擁立に反対する阿賀北地方の本庄時長・色部昌長・竹俣清綱は9月に為景に対して一斉に蜂起する・・（これらを撃退した・・稲垣注）8月に為景は銭貨80貫文を室町幕府に献上し、11月6日、幕府から上杉定実の越後守護就任が正式に認められ、為景も定実を助け補うことを命じられた[10]。

上記の通り主家を攻撃して自分の傀儡を擁立・反対派を撃退して将軍家から正式承認されるところまで行きます。
織田信長の父織田信秀の場合は、長尾家のように守護代ですらない・・さらに下層の地元豪族です。
ウイキペデイアによれば概要以下の通りです。

永正8年（1511年）、尾張国南西部海東郡・中島郡に跨る勝幡城（愛知県愛西市・稲沢市）を支配する勝幡城主で、清洲三奉行の一人の織田信定の長男として生まれる。
信定は尾張の守護代織田氏の一族で、尾張下四郡を支配する守護代「織田大和守家」（清洲織田氏）に仕える庶流として、主家の重臣の清洲三奉行の一家で弾正忠を称した家を継いでいた。
信秀は父・信定の生前である大永6年4月（1526年）から7年（1527年）6月の間に家督を譲られて当主となる
・・・経済的に伸長し勢力を増し、上洛して朝廷にも献金し、従五位下に叙位され、備後守に任官された。さらには室町幕府にも参じて、第13代将軍・足利義輝にも拝謁した。天文9年（1540年）から翌年にかけ、伊勢神宮遷宮のため、材木や銭七百貫文を献上した[9]。これで、天文10年9月、その礼として朝廷より、三河守に任じられたというが、周囲への使用例はない[9]。さらに天文12年（1543年）には、朝廷に内裏修理料として4000貫文を献上し、朝廷重視の姿勢を示す
・・・・信秀はその頂点で、主家の大和守家への臣従関係は保ちつつ、地位や権威は主家やその主君である尾張守護斯波氏をも上回り、弟の織田信康や織田信光ら一門・家臣を尾張の要所に配置し、尾張国内の他勢力を圧倒する戦国大名の地位を築いていった。
しかし信秀は終末まで守護代奉行であり、実質上は尾張を代表する戦国大名として斎藤、松平、今川ら他国大名と戦い続けたものの、形式的主君であった守護代家、守護家は維持したままで、尾張国内の大和守家や他の三奉行や犬山の織田信清など何度も敵対し争ったり、反乱されたりしているのに、最後まで徹底して粛清したり叩こうとせず、それらを抱えたまま国外の敵と戦うという限界があり、旧来の権威や秩序を重んじる古さがあったと指摘され、それらの併呑や排除は信長の代を待つことになる[7]。

守護代織田大和守家一族の庶流（家臣団に降った・奉行の一員）でしかない家柄にうまれたのが信秀の親・信定です。
これが信定〜信秀と代を重ねる都度勢力を拡大し、事実上尾張国の守護や守護代を凌ぐ地位にのし上がって次の信長の世代になります。
応仁の乱→戦国時代に突入すると、中央（幕府）の裁決能力消滅→在地預かり（事実上有名無実化しなくなっていたでしょう）が荘園領主への貢納をしなくなってもどうにもならない状態になりました。
荘園収入の分配率争いどころではなくなっていたのです。
戦時中地方のツテを頼って多くの人が東京から疎開したように、応仁の乱以降混乱が続く中で京都にいたのでは危険だし（戦のたびに逃げ惑うしかない）仕送りが途絶えたので、食うに困る下級中級貴族・官人（給与支給もないので）が、ツテ・旧縁を頼って続々と地方に疎開していきます。